Protonpompremmers (PPI’s) behoren tot de meest voorgeschreven geneesmiddelen in Nederland. De bijwerkingen van PPI’ zijn vaak mild. Het meest komen voor: hoofdpijn en gastro-intestinale klachten zoals buikpijn, diarree en misselijkheid/braken.
Bij langdurig gebruik komen regelmatig nieuwe mogelijke bijwerkingen aan het licht, zoals een verhoogd fractuurrisico, gastro-intestinale infecties en vitamine- en mineraaldeficiënties. Bijwerkingencentrum Lareb ontving tot nu toe tachtig meldingen van hypomagnesiëmie (te lage magnesiumspiegel), acht meldingen van vitamine B12-deficiëntie en twee meldingen van ijzerdeficiëntie-anemie. Noemenswaardig zijn hypomagnesiëmie-meldingen, die vaak reden zijn voor ziekenhuisopname.